Theo Bộ Khoa học và Công nghệ (KH và CN), Viện V-KIST sẽ nghiên cứu theo đơn đặt hàng của các tổ chức, cá nhân và sử dụng kết quả nghiên cứu đó để thương mại hóa, phát triển công nghệ phục vụ sản xuất. Viện cũng được tự chủ việc tuyển dụng, trả lương cho các nhà khoa học. Trong môi trường đó, các doanh nghiệp cũng sẽ hình thành văn hóa đặt hàng Viện nghiên cứu công nghệ để ứng dụng, hạn chế việc mua công nghệ của nước ngoài với giá cao như hiện nay. Là viện nghiên cứu đa ngành, đa lĩnh vực, phát triển công nghệ hiện đại phục vụ các ngành công nghiệp của Việt Nam, nhưng trong giai đoạn đầu, Viện chọn hai lĩnh vực hoạt động mà Việt Nam có thế mạnh đó là công nghệ thông tin và công nghệ sinh học. Theo đánh giá của các nhà khoa học, hai hướng nghiên cứu này của Viện sẽ khai thác được các thế mạnh của Việt Nam mà không cần đầu tư quá nhiều do chúng ta đã có điều kiện hạ tầng về công nghệ thông tin, có nhiều nhà đầu tư nước ngoài về lĩnh vực công nghệ điện tử và là nước xuất khẩu nhiều nông sản, có nguồn dược liệu phong phú.
Là một trong những người đặt nền móng và tháo gỡ những khó khăn ban đầu để Viện V-KIST ra đời, nguyên Bộ trưởng KH và CN Nguyễn Quân chia sẻ, ngay sau khi Thủ tướng Chính phủ quyết định phê duyệt Ðề án đổi mới quản lý KH và CN vào năm 2004, trong đó đề cập nghiên cứu các mô hình quản lý KH và CN của các nước tiên tiến, trọng tâm là thực hiện Chiến lược phát triển KH và CN đến năm 2020, Bộ KH và CN quyết định chọn Viện KIST của Hàn Quốc làm mô hình thí điểm, vì trong điều kiện tương đồng về văn hóa, kinh tế như Việt Nam, Hàn Quốc nhanh chóng trở thành cường quốc về điện tử, cơ khí chế tạo, công nghiệp tàu biển... nhờ hệ thống các viện nghiên cứu, dẫn đầu là Viện KIST. Từ khi thành lập cho đến khi trở thành một trong những viện nghiên cứu hàng đầu của thế giới, Viện KIST chỉ mất 40 năm, một thời gian quá ngắn so với những thành tựu Viện có được. Vượt trội so với các viện nghiên cứu khác thời kỳ đó là do Viện KIST của Hàn Quốc được hưởng một cơ chế đặc thù mà trước đó chưa từng có, được người đứng đầu quốc gia đỡ đầu, dành sự quan tâm đặc biệt ngay từ lúc xây dựng cơ sở vật chất; giao quyền tự chủ hoàn toàn; có luật riêng để viện hoạt động, tránh được sự chồng chéo của pháp luật hiện hành về cơ chế tài chính. Trong các yếu tố đó, việc KIST được tự chủ trả lương cho các nhà khoa học với mức cao hơn gấp nhiều lần so với các nhà khoa học khác trong nước là yếu tố quyết định thu hút nhiều nhân tài ở Hàn Quốc và từ nước ngoài. Năm 2012, trong chuyến thăm hữu nghị chính thức Hàn Quốc, Thủ tướng Chính phủ Việt Nam đã đề nghị Chính phủ Hàn Quốc giúp đỡ thành lập tại Việt Nam một viện tương tự Viện KIST. Tổng thống Hàn Quốc đồng ý và dành một khoản tiền viện trợ không hoàn lại, giúp Việt Nam xây dựng cơ sở vật chất và hoạt động của Viện trong những năm đầu tiên. Viện được đặt tên là V-KIST với mô hình hoạt động giống như Viện KIST, là nhà cung cấp công nghệ, giải pháp cho các doanh nghiệp chiếm lĩnh thị trường tại Việt Nam.
Ðiều đặc biệt là, Viện trưởng đầu tiên của Viện V-KIST là Tiến sĩ Kum Dong Hwa, cũng từng làm Viện trưởng Viện KIST của Hàn Quốc. Ðây là lần đầu tiên, một viện nghiên cứu công lập của Việt Nam thuê người điều hành là người nước ngoài. Nhiều người mong đợi một tư duy quản lý mới, tiên tiến là động lực cho sự phát triển của Viện. Vì là một "phiên bản" tại Việt Nam, cho nên những cơ chế đặc thù của Viện KIST cũng được linh hoạt áp dụng cho Viện V-KIST. Ðó là sự quan tâm của lãnh đạo Chính phủ; có Nghị định số 50/2015/NÐ-CP để Viện thành lập, hoạt động, áp dụng cơ chế tài chính mới. Bên cạnh đó, theo đánh giá của các nhà khoa học, Viện V-KIST có rất nhiều thuận lợi để trở thành "đầu tàu" về nghiên cứu ứng dụng. Ngay việc nằm tại vị trí "đắc địa" là Khu công nghệ cao Hòa Lạc, Viện có cơ hội nhận được đơn đặt hàng của các công ty hoạt động trong lĩnh vực công nghệ cao tại đây, thương hiệu của Viện sẽ dần lan tỏa tới khách hàng ở những địa bàn khác. Ðội ngũ cán bộ khoa học đông đảo, thứ hạng về năng lực đổi mới sáng tạo của Việt Nam dần được nâng lên trong những năm qua sẽ là môi trường thuận lợi. Tuy vậy, khó khăn lớn nhất của Viện V-KIST là làm sao bảo đảm mức thu nhập phù hợp cho các nhà khoa học để họ dành toàn bộ thời gian nghiên cứu cho Viện. Nguyên Bộ trưởng KH và CN Nguyễn Quân cho rằng, nếu không có chính sách tốt, nhất là chế độ tiền lương để mời các nhà khoa học giỏi về làm việc thì đầu tư bao nhiêu tiền cho mô hình viện mới cũng sẽ lãng phí và không thể đạt được mục tiêu ban đầu đặt ra.
Hiện nay, Viện V-KIST đang trong giai đoạn chuẩn bị đầu tư mua sắm trang thiết bị, xây dựng mô hình quản trị, vận hành, tuyển dụng, đào tạo cán bộ. Nhiều doanh nghiệp mong đợi Viện sớm đi vào hoạt động để phát triển các công nghệ hiện đại, đáp ứng yêu cầu sản xuất của doanh nghiệp. Ông Ðỗ Tuấn Ðạt, Giám đốc Công ty TNHH một thành viên Vắc-xin và Sinh phẩm Y tế số 1 (Vabiotech) cho biết, Viện V-KIST là cầu nối giữa nghiên cứu và chuyển giao công nghệ, cho nên Viện có thể đưa công nghệ từ quy mô phòng thí nghiệm thành quy mô sản xuất thử nghiệm và sau này là quy mô sản xuất công nghiệp. Quá trình sản xuất thử nghiệm có thể nhìn ra được những ưu điểm, khuyết điểm để từ đó hoàn thiện công nghệ áp dụng trong các doanh nghiệp, nhà sản xuất ở quy mô công nghiệp. Khó khăn của các doanh nghiệp sản xuất các sản phẩm sinh học, trong đó có vắc-xin và sinh phẩm y tế là thiếu các cơ sở sản xuất thử nghiệm đạt tiêu chuẩn. V-KIST có thể giúp đổi mới công nghệ, nâng cấp công nghệ để nâng cao năng suất sản xuất các sản phẩm sinh học. Khi V-KIST đáp ứng được những vấn đề này thì doanh nghiệp đỡ tốn kém về thời gian, tiền bạc cho việc đánh giá và tìm hiểu công nghệ, doanh nghiệp chỉ cần tập trung đầu tư cho sản xuất để có được ngày càng nhiều các sản phẩm mới. Các nhà khoa học lâu nay chưa quen nghiên cứu ứng dụng, cho nên cũng cần phải có thời gian đào tạo nhân lực về ứng dụng công nghệ trong quá trình sản xuất.
Sự thành công của V-KIST sẽ là câu trả lời thuyết phục nhất cho việc đổi mới cơ chế quản lý, là bài học quý để chia sẻ kinh nghiệm, đổi mới hệ thống các tổ chức nghiên cứu của Việt Nam. Tiến sĩ Kum Dong Hwa cho biết, V-KIST luôn chào đón các nhà khoa học trong và ngoài nước tâm huyết, trí tuệ góp sức xây dựng Viện vững mạnh như kỳ vọng của Chính phủ và Bộ KH và CN.